Daedalus, Origami de ADN automatizado.

El portal de noticias del MIT publica un reportaje de Helen Knight que informa sobre los avances en algoritmos para construir estructuras de ADN. Estas estructuras  de ADN,  de escala nanoscópica, se construyen en la práctica actual a partir de hebras de ADN mediante un proceso manual que es laborioso y complejo y se conoce como origami de ADN.

El desarrollo de un algoritmo que puede construir las nanopartículas de  ADN automáticamente es una novedad.

El algoritmo parte de una representación geométrica en 3D de la forma final del objeto y a partir de allí decide como debe ser ensamblada la estructura.

El líder del equipo de investigación es el profesor del MIT Mark Bathe, PhD,  quien dice que su estrategia cambia el problema que habitualmente consiste en que un experto diseñe el ADN necesario para sintetizar el objeto, a uno en el cual el objeto es el punto de partida y las secuencias necesarias las determina el algoritmo.  Declara además que su esperanza es que esta automatización haga más amplia la participación de otros en el paradigma de diseño molecular.

El algoritmo recibió el nombre de DAEDALUS (DNA Origami Sequence Design Algorithm for User-defined Structures), en referencia a Dédalo de la mitología griega cuyo oficio era el de arquitecto y artesano, a quien se le atribuía el diseño de laberintos.

Ahora el equipo investiga en el desarrollo de aplicaciones para las nanopartículas de ADN construidas por el algoritmo DAEDALUS. Una de esas aplicaciones es un andamio para péptidos virales y proteínas que pueden ser usadas como vacunas.

Superficies 3D  vs las representaciones basadas en ADN de diversas nanopartículas diseñadas por el algoritmo DAEDALUS. (Imagen de Digizyme)

Preocupación por relación entre la radiación del teléfono móvil y el cáncer.

Varios medios han publicado en fecha reciente información sobre resultados de una investigación que encontró correlación entre la exposición a la radiación del teléfono móvil y el desarrollo de cáncer de cerebro y corazón. 

El estudio del Programa Nacional de Toxicología de los Estados Unidos (US National Toxicology Program, NTP) aparece publicado en un preprint de bioRxiv que se presenta como resultado parcial. 

En el artículo se describe como se diseñó un sistema de exposición de los roedores a radiofrecuencia, a las frecuencias y modulaciones que se usan en la industria de las telecomunicaciones. Se dice que la ocurrencia de dos tipos de tumores (gliomas malignos en el cerebro y schwannomas de corazón) en ratas Harlan Sprague Dawley machos se consideran de particular interés.  

Este estudio todavía debe ser sometido a revisión por pares pues es un pre-print todavía no arbitrado. Sin embargo ha levantado mucho interés por el impacto que podría tener en para la salud pública. Pueden seguirse algunos enlaces a medios que han dado cobertura noticiosa a la investigación: Revista Science AAAS, Scientific American, Revista TIME,  CBS Filadelfia,  y muchos otros.

Ley de Moore

La revista Technology Review del MIT trae un artículo escrito por Tom Simonite que titula Moore’s Law Is Dead. Now What? (La Ley de Moore está muerta. ¿Ahora qué?) donde analiza el presente y futuro de las computadoras y en general de dispositivos hechos con chips que incluyen transistores. 

Para los que no conocen la materia, la ley de Moore se debe a Gordon Moore quien en 1965 observó que los transistores, que son los elementos activos en un circuito integrado o chip, se estaban encogiendo tan rápidamente que cada año se podía duplicar el número de los que cabían en un chip. Luego en 1975 ajustó su relación a la duplicación en dos años en vez de uno.  

Esa predicción de Moore se ha mantenido y al crecer el número de transistores en un chip la industria ha encontrado que hacer con ellos. Intel ha sido una de las compañías que ha hecho presión en el ritmo de crecimiento, pero ahora ha decidido incrementar el tiempo entre generaciones y ha sugerido que los transistores de silicio solo pueden seguir reduciendo el tamaño por otros cinco años. 

Una de las áreas que se vería afectada por la falta de crecimiento en número de transistores por chip es la de los centros de datos pues la demanda seguirá creciendo.  El artículo sugiere que los arquitectos de la computación tendrán que trabajar en mejorar el diseño de los chips para obtener mayor poder de cómputo y también para hacer chips que se especialicen en acelerar algoritmos cruciales.  Se van a requerir chips afinados para el álgebra relacionada con técnicas poderosas de aprendizaje de máquina en lo cual ya está trabajando la compañía de tarjetas gráficas Nvidia, entre otras. 

Muchos retos por delante para la industria y las ciencias de la computación.

Patrón de chip Skylake (Dominio Público @Intel)

Importancia de Compartir Datos, a propósito del brote de Zica.

La revista Science publica un comunicado firmado por varias instituciones, incluida la propia revista,  en el cual los signatarios manifiestan su posición en cuanto al tema de compartir datos. El comunicado lo presenta la editora jefe de Science Jornals, Marcia McNutt, y es parte de una serie de publicaciones sobre el brote de Zica. 

En el manifiesto se declara que, en el contexto de una emergencia de salud pública que afecte a la comunidad internacional, es imperativo que todas las partes pongan a disposición toda la información que pueda ayudar a superar la crisis.

Los firmantes se comprometen a trabajar en asociación para asegurar que la respuesta global a las emergencias de salud pública se pueda dar teniendo la información basada en la mejor evidencia y datos de investigación. Como consecuencia: 

.- Las revistas científicas firmantes van a poner todos sus artículos con información sobre el virus del Zica como de libre acceso, es decir de acceso gratuito. Los datos o preimpresiones depositadas para distribución no restringida, previos al envío de los artículos, no darán razón para que se excluyan de ser publicados. 

.- Los proveedores de fondos de investigación, que firman el manifiesto le requerirán a los investigadores que lleven a cabo trabajos en las áreas de emergencia de salud pública que pongan en práctica mecanismos para compartir datos preliminares y finales de calidad asegurada tan rápida y ampliamente como sea posible. Se incluyen aquí a las comunidades de investigación y de salud pública y a la Organización Mundial de la Salud.

Se pide que otras organizaciones se sumen al compromiso.

Entre los firmantes están: La Academia de Ciencias Médicas del Reino Unido, La Fundación de Bill y Melinda Gates, El Boletín de la Organización Mundial de la Salud, los Institutos Canadienses de Investigación en Salud, entre otros.

Aedes albopictus, Mosquito hembra.

En este enlace se pueden seguir otros artículos de la revista Science en el tema del Zica.

Relación de los Hemisferios Cerebrales con la Personalidad.

De acuerdo a un reportaje de BBC mundo, las afirmaciones relativas a que las personas con pensamiento lógico utilizan más el hemisferio izquierdo del cerebro mientras que las que son más creativas usan principalmente el hemisferio derecho no tienen suficiente base científica.

Hemisferio Izquierdo - Hemisferio Derecho

En el reportaje se señalan varias opiniones de neurocientíficos. Jeffrey Anderson, de la Universidad de Utah, EE.UU dice: "Puede darse realmente el caso de que algunas personas tengan estilos cognitivos más metódicos y lógicos, y que otras tengan estilos más desinhibidos y espontáneos. ... pero eso no tiene nada que ver con las diferentes funciones de los hemisferios izquierdo o derecho (del cerebro)" y afirma que en estudios con más de 1000 cerebros en las  cuales se hicieron mediciones de conexiones no se encontró predominio de un hemisferio sobre el otro.

También entrevistaron a Sophie Scott  de la Universidad de Londres quien dijo "Algunas personas tienen una capacidad de representación visual muy buena. Otras tienen una buena capacidad de representación auditiva. Hay muchas variaciones en el mundo de la forma como recogemos y procesamos la información, pero reducirlo a la 'lógica' del cerebro izquierdo y la 'creatividad' del derecho no es un enfoque que comprende lo que hemos visto sobre cómo opera el cerebro".

Hay mucho que aprender todavía sobre el cerebro, sobre la conciencia y la inteligencia. Mientras tanto tendremos que leer muchas afirmaciones que se hacen a la ligera, pero con mucha convicción, aunque no se tenga evidencia.

Pioneros de la Encriptación de Datos ganan Premio A. M. Turing de la ACM

Whitfield Diffie y Martin Hellman recibieron en días pasados el premio A.M. Turing otorgado por la Association for Computing Machinery debido a su trabajo en el esquema de encriptación de datos que es ampliamente usado en Internet.

El premio en cuestión es llamado por algunos el “Premio Nobel en Computación” y cubre una cantidad en metálico de un millón de dólares ($ 1.000.000,00).

Whitfield Diffie es actualmente un académico asesor en el CISAC (Center for International Security and Cooperation) de la Universidad de Stanford. Aparte de su trabajo con Hellman ha trabajado desde los 90 en la defensa del derecho de los individuos y las empresas a usar encriptación de datos. Es coautor con Susan Landau del libro Privacy on the Line: The Politics of Wiretapping and Encryption.

Martin Hellman es profesor emérito de Ingeniería Eléctrica de Stanford, y ha sido parte del debate global sobre seguridad de datos.

Lo que Diffie y Hellman llamaron criptografía de llave pública (public key criptography) comenzó con una publicación de 1976 titulada New Directions in Criptography, publicado en la IEEE Transactions on Information Theory (Volume: 22, Issue: 6), donde definieron una metodología para una nueva técnica revolucionaria. Esta técnica permitiría a la gente comunicarse sobre un canal abierto, sin nada prearreglado, y mantener su información en secreto a pesar de posibles intentos de escucha no autorizada.

Un campo del conocimiento bastante interesante para las ciencias de la computación, las matemáticas y las comunicaciones, entre otras.

Chuck Painter/Stanford News Service

Automóvil de Google que se maneja solo involucrado en accidente.

El accidente ocurrió en California, en una calle de Silicon Valley, según reseña la Associated Press el día de hoy. En septiembre 2015, en este blog se señalaba un posible problema de este tipo de vehículos en situaciones extremas.

El accidente reportado en la noticia reciente, que se cree es el primero para este tipo de vehículos, ocurrió cuando el Lexus SUV, de Google, intentaba cruzar a la derecha en una intersección y detectó unas bolsas de arena obstruyendo un desagüe para tormentas. El Lexus se movía por el canal derecho y para evitar la obstrucción se desplazó hacia el canal izquierdo golpeando con su frontal izquierdo el lado derecho de un autobús.

Había un conductor de prueba quien pudo tener control pero juzgó que el autobús iba a reducir su velocidad. Afortunadamente reportan que no hubo lesionados.